努尔哈赤与中国历史上其他少数民族入侵者最大不同在于，此人十分会使用奸细，其安插的密谍甚至活跃在北京，而明王朝的内部又跟漏风的筛子一样，什么消息都能往外泄露，因此万历病重可能不久人世的消息很快传到了辽东，努尔哈赤便在当年的五月和六月间，对辽东展开了新一轮的进攻。
不过由于熊廷弼的指挥得当以及各路将士的奋勇杀敌，所以，努尔哈赤夺取辽东各城的阴谋没有得逞，但包括西平吞、郭三屯、头目屯、王大人屯等地还是受到了严重的损失，一部分辽东边民被掠走，进而引发了辽东巡按陈王庭与经略大臣熊廷弼之间的新一轮矛盾。
陈王庭认为，应该对造成边民损失的将帅进行处理而熊廷弼认为此战各将帅都有功，起码是功过不掩。
相关争辩引起了明廷的注意，兵部便向病重的万历奏称：“辽东御史、经略各题参花岭山城等处杀虏人畜多寡不同，议处游击等官刘世功等轻重亦异，难以悬断，相应覆请将失事地方行御史会同经略再勘。”
病榻上的万历挣扎着做出批复，即派遣姚文宗去巡阅边务，同时下达口谕：“辽事败坏，皆地方官玩愒所致，熊廷弼一意振刷恢复封疆，朕深切倚赖，今夷情甚急，岂经略释肩之时，自弃前功、著益弹忠，任事与诸臣协心共济，毋为人言所阻！”
说完对辽事的安排，万历吩咐道：“去把方先生请来！”
很快，方从哲出现在了万历的病榻前，但此时万历却陷入了昏睡当中，好一会，才从不知道是美梦亦或是噩梦中清醒了过来：“朕刚刚看见先帝和圣母了！”
在场的太监及方从哲都跪了下来，万历幽幽道：“起来吧，朕的时间不多了，趁着还有精神头，交代几句，拟旨，册封福王长子朱由崧为郡王，王号着礼部拟定。”
今天司职的王国臣立刻一挥而就，方从哲随即应道：“内阁领旨！”
既然方从哲当面领旨了，自然不会随后食言，所以这道试探方从哲的旨意很快会变为现实，至于六科那边，显然也不会在这个时候就朱由崧封王一事忤逆万历，毕竟，朱由崧今年十四岁，按大明朝过往的惯例，也是应该加冠封王了。
万历又沉默了一会，这才积蓄起继续开口的气力，这次就听他说道：“再拟一道遗诏。”
王国臣、方从哲以及在场的宦官、宫女再一次跪倒在地，当然，没有人敢嚎啕大哭，以免造成了万历已经驾崩的误会，但现场众人的眼泪也是哗哗的留个不停。
万历这才似乎没有注意到所有人都跪下了，自顾自的说道：“去把贵妃请出来！”
有机灵的宦官立刻通知了郑贵妃，郑贵妃快速的从后面走了过来，听到熟悉的脚步声，万历笑道：“梦境，来，坐到朕的身边来，握住朕的手！”
郑贵妃一边用手帕擦着眼角，一边走过去坐在万历的病榻上，一手握住万历那双没什温度的手，此刻就听万历说道：“朕答应册封你为皇后的，只怕身前是做不到了，拟旨，郑氏入宫多年，温良贤淑，甚得朕心，可册封为皇后！”
王国臣见郑贵妃直直的看着自己，不敢怠慢，跪在那就把诏书写好了，然后王国臣问万历：“皇爷，诏书写好了，要不要念一遍！”
已经没有时间浪费的万历说道：“不必了，去把玉玺拿来，两份诏书，都盖上！”
有人立刻去通知了司礼监，趁着几个司礼监秉笔太监还没有过来的当口，万历问方从哲道：“方先生，内阁领旨吗？”