“咦，你会变戏法，真好玩。”石破天乐道。
“行了，回你的世界去吧，记住了，找到阿绣，带着她一起过来我才会告诉你妈妈在哪儿。”方城不想再跟这个心如赤子的家伙交流，心太累，挥了挥手，直接把他送走了。
说起来，石破天的身世其实很可怜，他本是名门大侠之后，因为梅芳姑恨石清移情别恋，继而抢走刚出生的石中坚（即后来的石破天）。
石破天被带至熊耳山，经常遭到梅芳姑打骂，梅芳姑叫他做“狗杂种”，他便以为这就是他自己的名字。
石破天从小学会了砍柴、做饭等种种家务，却大字不识一个，于世事、人心更是一无所知。一天梅芳姑忽然不见了，石破天自小相伴的那条叫“阿黄”的狗也不见了，便出去到处寻找，结果人和狗都没找着，自己却迷了路。
当石破天来到一个叫侯监集的小镇上时，适逢许多武林人物为一枚“玄铁令”大动干戈，他是个小乞儿的样子，谁也没注意，却因为饥饿太甚，捡了个混战中撒落在地的烧饼吃，意外地得到了“玄铁令”。正在众人发现，各各威逼利诱之时，玄铁令的主人“摩天居士”谢烟客适时赶到，将玄铁令夺回。
谢烟客怕众人教唆石破天干不利于他的事，因而将石破天连令带人一起携走。因为梅芳姑的教育从不求人，因而谢烟客无论怎么利诱都无法使石破天求他。
谢烟客无奈只好带他回自己隐居的摩天崖，途中石破天遇见几个武林人物围攻一个叫大悲老人的老头，便挺身而出，虽然没救成大悲老人，却在他临死之前做了大悲老人的朋友，得了他一套载有武功的泥人。到了摩天崖，谢烟客传授石破天两种极阴、极阳的内功，想让他走火入魔而死，以绝后患。
石破天长到十八九岁时，修炼武功时经脉相互激烈冲撞而至昏迷，恰逢长乐帮众人误以为石破天是他们的帮主，将他劫回帮中。
帮中的医道高手“妙手回春”贝海石将石破天救活，反而成就了他“阴阳合一”的无上内功。
贝海石等人知道“狗杂种”不是真的石破天，但因他长相与石破天酷似，因此故意将错就错，让他冒名顶替，以替他们消解即将到来的灾难，贝海石在他昏迷时用手术弄上去肩上的疤痕。
在昏迷时，丁珰偷来“玄冰碧火酒“压住了他体内阴阳二息的交拚。
在石破天醒来后又练起了泥人上武功而导致内息力道混乱，这时展飞因为石中玉曾调戏其妻子的缘故而对石破天檀中穴出了一掌，也震得石破天吐出丹田内郁积的毒血，水火既济，这两门纯阴纯阳的内功非但不再损及他身子，反而化成了一门亘古以来从未有的古怪内力，随后石破天帮助展飞瞒下了罪行，使得侍剑也对他另眼相看。
后狮威堂陈冲之以为得罪石破天并误以为被下毒，便带石破天去关押花万紫的地方，石破天见到后便要求把花万紫放走。
之后遇上丁珰，并被带去见丁不三，丁不三得知“玄冰碧火酒“被石破天喝掉，因而威逼石破天与丁珰结婚，在石破天揭开丁珰红盖头时，贝海石相告雪山派的人前来问罪。
石破天便回到长乐帮，见到白万剑等人，种种误会之下石破天被白万剑捉走，后遇到石清、闵柔。
之后石破天被丁珰、丁不三救出，丁不三见其太笨，要求他十天内打败白万剑，后来丁珰为了保护石破天将其扔到白阿绣的船上。
丁不四想要史小翠上碧螺岛，史小翠要求其传授石破天武功并打败石破天才行，但因石破天内功浑厚，丁不四便与石破天一直耗着。快到碧螺岛时，史小翠便与阿绣一同跳入江中，石破天为救她们也向江中跳去。
三人被江水冲到了紫烟岛，在岛上史小翠收石破天为徒，为了胜过雪山派便并让他改名“史亿刀”，随后传授“金乌刀法”。
在练武过程中，阿绣为了以后父亲的面子，也教了石破天一招“旁敲侧击”。
雪山派白万剑等人与丁不三、丁不四都来到紫烟岛，一言不合下便大打出手，石破天为救白万剑等人而与其联手。
随着众人离开后，石破天也找不到史小翠、白阿绣，便也乘船离开紫烟岛。
后石破天遇上侠客岛的赏善罚恶二使张三、李四，并喝了他们的药酒，并结为兄弟，后来也救了二人性命。
石破天在上清观遇上了石清、闵柔，为了帮助二人拿到两块铜牌误伤照虚、通虚。后来天虚向石清、闵柔问罪时又使其中毒，误会澄清后，石破天为三人解毒，并与石清、闵柔离开。
石清、闵柔意识到石破天是被长乐帮用来接”赏善罚恶令“，便一同前往长乐帮，途中石破天遇上丁珰，便被带走，后遇上丁不四和关东四大门派的人，石破天救了关东的人。
在长乐帮中，张三、李四帮助石破天解开了种种误会，见到了与自己相貌一样的“石中玉”，而后石破天仍以帮主的身份接了侠客岛的“赏善罚恶令”，石中玉则被石清、闵柔带去雪山派领罪，后来丁珰为救石中玉，将石破天替换掉了石中玉。
石破天等人赶回雪山派，石破天凭借自己的盖世神功消解了雪山派的门户之变，治好了白自在的疯病。这时谢烟客在石中玉的唆使下，赶来向雪山派寻仇，但石破天的出现终于使一切真相大白，石破天这时求谢烟客带走石中玉直到变好为止，而丁珰也彻底弃石破天而去。
不久石破天随白自在等武林高手持令前往“侠客岛”，在岛上经历一番惊险后，终于弄明白了三十年来许多武林高手前往“侠客岛”一去不返的真相：岛上一个山洞里的石壁上刻着“诗仙”李白的那首叫做《侠客行》的五言古诗，其中隐含了一项绝顶神功《太玄经》。
侠客岛主从中土以赏善惩恶令逼来众多武林高乎，只是为了一起参详这项神功，但各人见仁见智，谁也破解不了，而对武学的酷嗜，却使这些人面对石壁神智痴迷，再也不想离开这个山洞，石破天听着众人的争论，看着他们痴迷的样子，只是感到害怕，却不明所以。
众人都在诗句分解注释的各个小山洞，他因为不识字，在那儿既害怕又看不出个究竟来，便来到刻着整篇诗的大洞。不料他往石壁上一看，目中所见都是一把把形态、剑势、剑意各各不同的利剑，所有的文字于他毫无实际的意义可言，他顺着剑势、剑意看去，内息自然而然随之流动，手舞足蹈，待得从头至尾看完一遍，这项《太玄经》神功已是被他练成了。
回归中土后，救下了正跳入海中的史小翠、白阿绣，后为解一桩武林疑案，他随丁珰的叔祖“一日不过四”丁不四等人去寻找他的女儿，终于又回到了小时候居住的荒山。
最终梅芳姑得知石清变情正是自己太过优秀，而后自尽，石破天的身世便再也难明白，到此，全书完。