对于夏商周断代工程的疑问不少，主要的也就有六点。
上述说了三点，第四是“工程”不依靠《今本竹书纪年》有关西周年代的记载。
一味断定其为伪造，有很多人也不认可，因为学术界对其真伪尚未有定论。
第五点是“工程”使用的碳-14计算程序，仅有68.3%的置信度。
第六，“工程”对一个晋侯墓的碳-14测量，得出若干个差距较大的数据。
而“工程”在不同的论文中，使用了不同的数据，这似乎有漏洞。
另外，一些海外学者对“工程”的学术道德产生怀疑。
这里主要还是公元前899年周懿王‘天再旦于郑’的日食问题。
然而，在国外，早已经有人指出，这個日食及其对西周年代的意义。
一些海外学者觉得《简本》完全没有提到国外学术成果，是缺乏一定的学术道德的。
可是，我们国内的学术研究，却需要参考外国人的研究？他们研究的就是对的？
比如说，通过天文学研究，而将武王伐纣的年代，定为公元前1046年的美国学者。
这一学术，是在上世纪80年代初提出的。
而我们的《简本》，对此只字未提。
还有，甲骨文专家董作宾，早就指出“天再旦”是发生在天明时刻的日食现象，并将此一天文现象发生的年代，定为公元前966年。
后来，南朝学者方善柱，在1975年发表的论文中进一步指出，公元前966年有误，正确的年代应为公元前899年。
至于“天再旦”的问题，因为《简本》篇幅有限，未能将前人的工作一一罗列。
还有，“天再旦”的报道，有不妥当之处。
后来对碳-14方面的背景知识，提供了进一步的介绍和解释。
除此之外，还有霓虹的小泽贤二也对工程根据“岁在鹑火”，而把武王伐纣年份定为公元前1046年，而不是1027年，提出了批评。
理由是我国确定金木水火土五星为岁星的时代，是在战国时期，不能据此认为该句中的“岁”就是木星。
难道这些我们不知道，我们的专家会不知道五行？他们会不知道是从什么时候开始的？
这些人能够想到的东西，我们都想不到？
2003年4月12日的这次辩论，热烈程度和效果远远超越前两次，甚至出现了惊人的辩论高潮。
批评“工程”的学者中，特别是蒋祖棣这人很有意思，要知道当年他在国内，也算是有点学术地位。
但是，去了丑国之后，人家的研究就更有意思了。
《蒋文》最重要的内容，是讨论“工程”对“武王克商”年代的研究。
《蒋文》作者注意到，“工程”使用的是OxCal系列样品程序。
他特地向牛津大学求得这一程序，并以此验算了“工程”发表的、为数不多的碳-14数据。
结果，他算出的年代置信范围远远大于《简本》公布的“拟合”数据。
《蒋文》介绍说，OxCal程序系列样品计算法，虽可获得较窄的置信区间，但只有68.2%的置信度；
此计算程序的精确度，备受国际碳-14学者的批评。